董本志｜东北林业大学｜学者主页

2026

基于“三赛融通”的计算机专业阶梯式培养模式研究与实践

董本志，徐达丽，边继龙

《黑龙江教育(理论与实践)》

2026

PPI-Diff: De Novo Generation of Peptide Binders via Resolution-Aware Geometric Diffusion

Benzhi Dong, Sijia Li, Chang Hou, Dali Xu

Biomolecules

DOI

2026

MAKA-Map: Real-Valued Distance Prediction for Protein Folding Mechanisms via a Hybrid Neural Framework Integrating the Mamba and Kolmogorov–Arnold Networks

Benzhi Dong, Yumeng Hua, Chang Hou, Dali Xu, Guohua Wang

Biomolecules

DOI

2025

HGANTLDA: A Hybrid Framework Integrating Sequence Language Modeling and Heterogeneous Graph Attention for lncRNA–Disease Association Prediction

Xin Wang, SiCheng Xiang, Yuhai Zhao, Qiaoming Liu, Benzhi Dong, Guohua Wang

IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM)

DOI

2024

HMMF: a hybrid multi-modal fusion framework for predicting drug side effect frequencies

Wuyong Liu, Jingyu Zhang, Guanyu Qiao, Jilong Bian, Benzhi Dong, Yang Li

BMC Bioinformatics

DOI

2024

ILMCNet: A Deep Neural Network Model That Uses PLM to Process Features and Employs CRF to Predict Protein Secondary Structure

Benzhi Dong, Hui Su, Dali Xu, Chang Hou, Zheng Liu, Na Niu, Guohua Wang

Genes

DOI

2024

Impact of Multi-Factor Features on Protein Secondary Structure Prediction

Benzhi Dong, Zheng Liu, Dali Xu, Chang Hou, Na Niu, Guohua Wang

Biomolecules

DOI

2024

SERT-StructNet: Protein secondary structure prediction method based on multi-factor hybrid deep model

Benzhi Dong, Zheng Liu, Dali Xu, Chang Hou, Guanghui Dong, Tianjiao Zhang, Guohua Wang

Computational and Structural Biotechnology Journal

DOI

2023

MDformer: A transformer-based method for predicting miRNA-Disease associations using multi-source feature fusion and maximal meta-path instances encoding

Benzhi Dong, Wei-Dong Sun, Dali Xu, Guo-Hua Wang, Tianjiao Zhang

Comput. Biol. Medicine

DOI

2023

GTAD: a graph-based approach for cell spatial composition inference from integrated scRNA-seq and ST-seq data

Tianjiao Zhang, Zi-Heng Zhang, Liang-Yu Li, Benzhi Dong, Guo-Hua Wang, Dandan Zhang

Briefings Bioinform.

DOI

2023

DAEMDA: A Method with Dual-Channel Attention Encoding for miRNA–Disease Association Prediction

Benzhi Dong, Wei-Dong Sun, Dali Xu, Guo-Hua Wang, Tianjiao Zhang

Biomolecules

DOI

2022

Antimicrobial Peptides Prediction method based on sequence multidimensional feature embedding

Benzhi Dong, Mengna Li, B. Jiang, Bo Gao, Dan Li, Tianjiao Zhang

Frontiers in Genetics

DOI

2022

VTP-Identifier: Vesicular Transport Proteins Identification Based on PSSM Profiles and XGBoost

Yue Gong, Benzhi Dong, Zixiao Zhang, Yixiao Zhai, Bo Gao, Tianjiao Zhang, Jingyu Zhang

Frontiers in Genetics

DOI

2021

基于小波域的图像超分辨率重建方法

董本志，于明聪，赵鹏

《液晶与显示》

2021

SNAREs-SAP: SNARE Proteins Identification With PSSM Profiles

Zixiao Zhang, Yue Gong, B. Gao, Hongfei Li, Wen-Tao Gao, Yuming Zhao, Benzhi Dong

Frontiers in Genetics

DOI

2020

The Classification of Enzymes by Deep Learning

Zhiyu Tao, Benzhi Dong, Zhixia Teng, Yuming Zhao

IEEE Access

DOI

2020

Revisiting genome-wide association studies from statistical modelling to machine learning

Shanwen Sun, Benzhi Dong, Quan Zou

Briefings Bioinform.

DOI

2020

Identification of Secreted Proteins From Malaria Protozoa With Few Features

Qing-Wen Li, Benzhi Dong, Donghua Wang, Sui Wang

IEEE Access

DOI

2020

CWLy-pred: A novel cell wall lytic enzyme identifier based on an improved MRMD feature selection method.

Chao-Lu Meng, Jin Wu, Fei Guo, Benzhi Dong, Lei Xu

Genomics

DOI

2020

The Frequencies of Oppositely Charged, Uncharged Polar, and β-Branched Amino Acids Determine Proteins’ Thermostability

Shanwen Sun, Chun-Yan Ao, Donghua Wang, Benzhi Dong

IEEE Access

DOI

2020

Prediction of antioxidant proteins using hybrid feature representation method and random forest.

Chun-Yan Ao, Wen-Yang Zhou, Lin Gao, Benzhi Dong, Liang Yu

Genomics

DOI

2020

Identification of Human Enzymes Using Amino Acid Composition and the Composition of k-Spaced Amino Acid Pairs

Lifu Zhang, Benzhi Dong, Zhixia Teng, Ying Zhang, Liran Juan

BioMed Research International

DOI

2019

基于对称性区域过滤的显著性区域检测方法

董本志，陈迪，景维鹏

《计算机工程》

DOI

2018

基于Faster R-CNN的榆紫叶甲虫识别方法研究

董本志，聂丽郦，景维鹏，崔航

《计算机工程与应用》

2017

自然场景图像中叶片区域快速多阈值提取方法

董本志，蔡文宇，景维鹏

《计算机工程与应用》

2017

基于龙芯多路处理器平台的操作系统实验课程改革

景维鹏，雷海军，杨昆，杨烜，董本志

《计算机教育》

2016

三次NURBS曲线的Obrechkoff参数化插值算法

董本志，张小燕，于鸣，任洪娥

《机械科学与技术》

2016

三次NURBS空间曲线的投影等距偏置算法

张小燕，朱朦，董本志

《林业和草原机械》

2015

植物叶片轮廓特征提取方法研究

董本志，康欣，任洪娥

《计算机工程与应用》

2015

一种改进的朴素贝叶斯不平衡数据集分类算法

姚宇，董本志，陈广胜

《黑龙江大学自然科学学报》

2014

基于Hadoop Streaming的Last比对软件并行化的研究与实现

董本志，李文浩，景维鹏

《计算机工程与应用》

2014

基于RGB彩色空间的原木端面图像参数测算研究

姜士辉，任洪娥，董本志，官俊

《安徽农业科学》

2013

机器人视觉中障碍物刚柔性的判别方法

董本志，任惠娟，任洪娥

《计算机工程与应用》

2013

基于分割间测地距离的局部立体匹配方法

董本志，唐彬，任洪娥

《计算机工程与应用》

2012

盘式刨花机控制系统的设计与应用

董本志，徐强，任洪娥

《制造业自动化》

2012

刨花切削控制参数优化的计算机视觉方法研究

董本志，李海霞，任洪娥

《制造业自动化》

2011

数控裁板锯的下锯优化研究

刘玉娟，徐凯宏，马岩，董本志，杨春梅

《制造业自动化》

2010

基于粒子系统的切割机割焰可视化建模及仿真

董本志，郭艳玲，王海滨

《制造业自动化》

2010

管件带坡口相贯线数控切割建模与仿真研究

董本志

《东北林业大学》

2010

数控火焰切割机虚拟样机系统设计与切割运动仿真

徐达丽，董本志

《机械设计与制造》

2010

走近木工机床数控软件

董本志

《林业机械与木工设备》

2010

An improved algorithm for feature point matching

Chang Ying-Ii, Ren Hong-e, Benzhi Dong

DOI

2010

Extraction and analysis of the man-made fiberboard cavity based on image recognition technique

Pengfei Sun, Honge Ren, Benzhi Dong

DOI

2010

Feature points matching method based on cross template

Benzhi Dong

Computer Engineering and Applications Journal

2009

单转台四轴数控机床空间刀具补偿研究

任洪娥，王锐鑫，董本志，赵磊

《机床与液压》

2009

基于极半径傅立叶子的木材细胞轮廓描述方法

于杨，任洪娥，董本志

《森林工程》

2009

数控机床远程监控系统的实现与优化

陈光伟，徐达丽，董本志

《机床与液压》

2009

一种基于分形的木材细胞图像特征提取方法

任洪娥，高莹，董本志

《计算机应用研究》

2009

Feature extraction algorithm of wood cell image based on fractal dimension

Benzhi Dong

Jisuanji yingyong yanjiu

2008

基于BP网络的微米长纤维异型车用模压制品性能预测

任洪娥，霍满冬，潘承怡，董本志

《东北林业大学学报》

2008

单转台四轴数控机床虚拟样机的虚拟加工实现

王锐鑫，任洪娥，董本志，赵磊

《制造技术与机床》

2008

长条薄片刨花三维重建方法研究

徐达丽，董本志，任洪娥

《林业机械与木工设备》

2008

数控仿真中译码器的研究应用

董本志，王涛，任洪娥，王锐鑫

《林业机械与木工设备》

2007

长条薄片刨花加工过程动态仿真技术研究

董本志，吕同玲，任洪娥

《林业机械与木工设备》

2007

树木生长过程计算机建模技术研究

亓传斌，任洪娥，徐达丽，董本志

《林业机械与木工设备》

2007

基于OpenGL的微米长纤维模压汽车构件三维仿真

霍满冬，任洪娥，董本志

《林业机械与木工设备》

2006

数控切割机虚拟训练和维修系统的研究应用

历俊丰，郭艳玲，董本志

《制造技术与机床》

2004

开放式数控线切割机加工仿真系统译码器研究

董本志，郭艳玲，李志鹏

《林业机械与木工设备》

2003

虚拟数控机床教学软件的开发

郭艳玲，董本志，赵辉

《林业机械与木工设备》

2003

谈“数控机床”教学的虚拟化

郭艳玲，张东煜，董本志

《内蒙古电大学刊》

2001

用人工神经元网络仿真加工条件与加工效果的关系

郭艳玲，刘志刚，董本志

《林业机械与木工设备》

2000

数控发展的趋势──开放式体系结构数控系统

郭艳玲，赵万生，董本志，乔世坤，徐达丽

《东北林业大学学报》

2000

四轴数控线切割刀具半径补偿算法的研究

郭艳玲，董本志，赵辉，乔世坤，徐达丽

《林业机械与木工设备》

1999

多媒体控制技术在木工机械上的应用前景研究

任洪娥，马岩，李松龄，汤晓华，邢力平，董本志，庞立强

精选作品

期刊论文

基于“三赛融通”的计算机专业阶梯式培养模式研究与实践

PPI-Diff: De Novo Generation of Peptide Binders via Resolution-Aware Geometric Diffusion

MAKA-Map: Real-Valued Distance Prediction for Protein Folding Mechanisms via a Hybrid Neural Framework Integrating the Mamba and Kolmogorov–Arnold Networks

HGANTLDA: A Hybrid Framework Integrating Sequence Language Modeling and Heterogeneous Graph Attention for lncRNA–Disease Association Prediction

HMMF: a hybrid multi-modal fusion framework for predicting drug side effect frequencies

ILMCNet: A Deep Neural Network Model That Uses PLM to Process Features and Employs CRF to Predict Protein Secondary Structure

Impact of Multi-Factor Features on Protein Secondary Structure Prediction

SERT-StructNet: Protein secondary structure prediction method based on multi-factor hybrid deep model

MDformer: A transformer-based method for predicting miRNA-Disease associations using multi-source feature fusion and maximal meta-path instances encoding

GTAD: a graph-based approach for cell spatial composition inference from integrated scRNA-seq and ST-seq data

DAEMDA: A Method with Dual-Channel Attention Encoding for miRNA–Disease Association Prediction

Antimicrobial Peptides Prediction method based on sequence multidimensional feature embedding

VTP-Identifier: Vesicular Transport Proteins Identification Based on PSSM Profiles and XGBoost

基于小波域的图像超分辨率重建方法

SNAREs-SAP: SNARE Proteins Identification With PSSM Profiles

The Classification of Enzymes by Deep Learning

Revisiting genome-wide association studies from statistical modelling to machine learning

Identification of Secreted Proteins From Malaria Protozoa With Few Features

CWLy-pred: A novel cell wall lytic enzyme identifier based on an improved MRMD feature selection method.

The Frequencies of Oppositely Charged, Uncharged Polar, and β-Branched Amino Acids Determine Proteins’ Thermostability

Prediction of antioxidant proteins using hybrid feature representation method and random forest.

Identification of Human Enzymes Using Amino Acid Composition and the Composition of k-Spaced Amino Acid Pairs

基于对称性区域过滤的显著性区域检测方法

基于Faster R-CNN的榆紫叶甲虫识别方法研究

自然场景图像中叶片区域快速多阈值提取方法

基于龙芯多路处理器平台的操作系统实验课程改革

三次NURBS曲线的Obrechkoff参数化插值算法

三次NURBS空间曲线的投影等距偏置算法

植物叶片轮廓特征提取方法研究

一种改进的朴素贝叶斯不平衡数据集分类算法

基于Hadoop Streaming的Last比对软件并行化的研究与实现

基于RGB彩色空间的原木端面图像参数测算研究

机器人视觉中障碍物刚柔性的判别方法

基于分割间测地距离的局部立体匹配方法

盘式刨花机控制系统的设计与应用

刨花切削控制参数优化的计算机视觉方法研究

数控裁板锯的下锯优化研究

基于粒子系统的切割机割焰可视化建模及仿真

管件带坡口相贯线数控切割建模与仿真研究

数控火焰切割机虚拟样机系统设计与切割运动仿真

走近木工机床数控软件

An improved algorithm for feature point matching

Extraction and analysis of the man-made fiberboard cavity based on image recognition technique

Feature points matching method based on cross template

单转台四轴数控机床空间刀具补偿研究

基于极半径傅立叶子的木材细胞轮廓描述方法

数控机床远程监控系统的实现与优化

一种基于分形的木材细胞图像特征提取方法

Feature extraction algorithm of wood cell image based on fractal dimension

基于BP网络的微米长纤维异型车用模压制品性能预测

单转台四轴数控机床虚拟样机的虚拟加工实现

长条薄片刨花三维重建方法研究

数控仿真中译码器的研究应用

长条薄片刨花加工过程动态仿真技术研究

树木生长过程计算机建模技术研究

基于OpenGL的微米长纤维模压汽车构件三维仿真

数控切割机虚拟训练和维修系统的研究应用

开放式数控线切割机加工仿真系统译码器研究

虚拟数控机床教学软件的开发

谈“数控机床”教学的虚拟化

用人工神经元网络仿真加工条件与加工效果的关系

数控发展的趋势──开放式体系结构数控系统

四轴数控线切割刀具半径补偿算法的研究

多媒体控制技术在木工机械上的应用前景研究

会议论文

走近木机数控软件世界

数控木工机床加工过程的仿真分析